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🧫実務とノウハウ

臨床データサイエンティスト · 臨床データ、治験データ、医療システムのデータを用いて、より安全な医療、研究、業務上の意思決定のための信頼できるエビデンスを生み出す。

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臨床データサイエンティストが巧みな予測モデルを構築するという一般的なイメージは、真実ではあるが不完全だ。実務者への調査や実体験の記録は一貫して、雑然としたデータを見つけ、整形し、再構成することが、多くの人が思い描くモデリングの工程よりも多くの時間を食う仕事だと述べている。

この分野の中で受け継がれてきた技能は、特定のアルゴリズムを暗記することよりも、規律ある懐疑心にある――どんなモデルを信じる前にもまずデータそのものを見ること、あるパターンがサブグループの中でも成立するかを確かめること、そして関係者の問いに対する誠実な答えが「データではそれを裏付けられない」であることを知ることだ。

仕事が求める力

857870726258
統計学と確率論
85
プログラミング(Python、SQL、R)
78
データラングリングとパイプライン
70
機械学習モデリング
72
発見事項の伝達
62
ビジネスまたは専門領域の文脈理解
58

統計学と確率論

仮説検定、回帰分析、そしてp値や信頼区間が実際に何を主張しているのかを理解すること――この仕事の他のすべてが乗っている推論の基盤だ。

プログラミング(Python、SQL、R)

二度と実行されないノートブックで分析の試作をするだけでなく、大規模にデータを取得・整形・変換できるほど流暢にコードを書く力。

データラングリングとパイプライン

欠損値、重複レコード、不一致な形式といった雑然とした現実世界のデータを、モデルやグラフが実際に使えるものへと変える力。

機械学習モデリング

問題に適したモデルを選び、学習させ、検証する力、そして単純な回帰が複雑なニューラルネットワークに勝る場面を見極める力。

発見事項の伝達

統計的な結果を、過度に単純化したり本当の不確実性を隠したりすることなく、非専門家の経営層が行動に移せるグラフ、メモ、提言に翻訳する力。

ビジネスまたは専門領域の文脈理解

特定のビジネスや科学分野の中である指標が実際に何を意味するかを理解し、分析が本当に問われた問いに答えられるようにする力。

一日の風景

スタンドアップとダッシュボード確認データ取得とクリーニング昼食モデリングと分析関係者との会議とレビュー勤務外(おおむね) 036912151821 24h
  1. 8–9 スタンドアップとダッシュボード確認

    夜間のパイプライン実行結果と主要指標のダッシュボードを確認し、その日の優先事項についてチームと短く同期する。

  2. 9–12 データ取得とクリーニング

    データウェアハウスに対してSQLクエリを書き、テーブルを結合・整形し、欠損値や不整合な値を処理する――通常、一日の中で最も大きな時間帯だ。

  3. 12–13 昼食

    本当の休憩であり、しばしば正式な会議に至る前にチーム横断の問題が非公式に持ち上がる場でもある。

  4. 13–15 モデリングと分析

    統計モデルを構築・改良したり、実験の有意性検定を実行したり、ある指標がなぜ動いたのかを深掘りしたりする。

  5. 15–17 関係者との会議とレビュー

    プロダクトチームやビジネスチームに発見事項を発表したり、A/Bテストの結果をレビューしたり、質問攻めの中で分析の前提を擁護したりする。

  6. 17–8 勤務外(おおむね)

    プロダクトのローンチや四半期のビジネスレビューの前後を除けば私的な時間で、その時期には夜が土壇場の分析依頼を吸収することがある。

ノウハウ

現場で実際に伝えられる技術知 — モチベーション文句ではない。

01

モデル化する前にデータを見る

何かを当てはめる前に、生の分布、散布図、単純な要約統計をプロットすること――この習慣は、そうしなければモデルが静かに吸収し隠してしまう壊れたデータ、単位の誤り、外れ値を発見する。

ジョン・テューキー、『探索的データ分析』、1977年
02

傾向がサブグループの中でも成立するか確かめる

全体としての傾向は、関連するカテゴリでデータを分割すると完全に逆転することがある――統計学者エドワード・H・シンプソンの1951年の論文にちなんで「シンプソンのパラドックス」として知られるパターンだ。

エドワード・H・シンプソン、1951年の論文。この現象自体はそれ以前にカール・ピアソンらによって指摘されていた
03

テストセットを取り分け、最後まで見ない

同じ保留データに対して繰り返し性能を確認し、それに応じてモデルを調整することは、そのデータからモデルへと静かに情報を漏らしてしまう――一度しか触れないことが最終結果の誠実さを保つ。

標準的な実務であり、ハスティ、ティブシラーニ、フリードマンの『統計的学習の要素』、2001年で形式化された
04

プロジェクトの大半をクリーニングに、モデリングにではなく配分する

実際のプロジェクトは、逆ではなく、一貫してデータ準備が約8割、モデリングが約2割という比率に近づく――その逆を前提にスケジュールを組むことが、プロジェクトが遅れる典型的な原因だ。

スティーブ・ロール『大規模データを扱う科学者にとって「清掃係の仕事」が洞察への大きな壁になる』、ニューヨーク・タイムズ、2014年以降、広く反響を呼んだ
05

うまくいきそうな最も単純なモデルをまず出す

ときには単なるルールや線形モデルにすぎないベースラインは、より複雑なモデルが実際にどれだけの価値を加えているかを明らかにし、しばしばそれ単体で出荷して十分なほど優れていることもある。

マーティン・ジンケビッチ、『機械学習のルール:MLエンジニアリングのベストプラクティス』、Google、ルール4番
06

パターンが良すぎるように見えるときは交絡要因を探す

驚くような相関は、真の発見であるよりも隠れた第三の変数によるアーティファクトであることのほうが多い――結果を提示する前に、他に何がそれを説明しうるかを積極的に探すこと。

フィッシャーの実験計画法の伝統に根ざし、ジュディア・パールの『因果推論の科学』、2018年で形式化された

仕事の道具

Python(pandas、scikit-learn、NumPy)

データ操作と古典的な機械学習で主流の言語で、表形式データにはpandas、標準的なモデリングアルゴリズムにはscikit-learnが使われる。

SQL

多くの企業の実際のデータが置かれているリレーショナルおよびクラウドのデータウェアハウス――Snowflake、BigQuery、Redshift――からデータを取り出すためのクエリ言語。

Jupyterノートブック

探索的な分析のための標準的な対話型環境で、臨床データサイエンティストが同じ文書の中でコードを実行し、グラフを見て、メモを取れるようにする。

Tableau / Power BI

完成した分析を、コードを書かなくても非専門家の関係者が自ら探索し監視できるものに変えるビジネスインテリジェンスのダッシュボードツール。

Gitとクラウドプラットフォーム(AWS、GCP、Azure)

コード、そしてますますモデルについてもバージョン管理を行うツールで、ノートパソコンでは扱えない規模でデータを保存し学習ジョブを実行するクラウドインフラと合わせて使われる。

失敗する理由

有意になるまで検定を繰り返す

多くの統計的比較を行い、有意性の閾値を超えたものだけを報告することは、再現しない誤った発見を生み出す――「p値ハッキング」としてよく知られた失敗のパターンだ。

目的変数が漏れたモデルを出荷する

予測しようとしている結果を符号化してしまう特徴量を誤って含めると、非現実的に強いオフラインの結果が得られるが、モデルが本当に未知の本番データで動いた途端に崩壊する。

間違った問いに対する洗練された答えを作る

単純なSQLクエリやスプレッドシートの数式でも同じくらいうまく答えられたはずの問題を、丁寧に調整された機械学習モデルで解くことは労力の無駄であり、本当のビジネス上の問いを見失いかねない。

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