一个世纪以来，任何没有细胞核的小东西都是细菌。泥土中的甲烷和盐池的粉红色一直令人好奇，直到分子分裂了树。
1977 年的 rRNA 论文并没有立即说服所有人。脂质化学和后来的基因组使这个领域不可避免。
年表
1880s泥浆中的甲烷
十九世纪的化学家已经知道沼泽会产生甲烷。造成这种情况的微生物仍然是未命名的古细菌。
1933克鲁弗和产甲烷菌
甲烷细菌的培养工作正式开始；它们仍然被归入细菌之下。
1977乌斯-福克斯分裂
Carl Woese 和 George Fox 发表了 16S rRNA 树，将古细菌与细菌分离。
1978产甲烷菌脂质
不寻常的醚脂证实产甲烷菌不是普通细菌。
1979细菌视紫红质名声
盐杆菌的紫色膜成为光驱动质子泵的模型。
1990三域树
沃斯、坎德勒和惠利斯正式主张细菌、古生菌和真核生物。
1996第一个古菌基因组
詹氏产甲烷球菌（Methanocaldococcus jannaschii）已被测序——一种热液产甲烷菌，具有令人惊讶的基因组合。
2015洛基古菌门
洛基古菌基因组模糊了古菌与真核生物的界限，并重新引发了内共生的争论。
古菌的历史也是污水处理厂、稻田和热液喷口的历史。